Eind 1947 werd het besluit genomen tot de oprichting van het Zuiderzeemuseum, maar daar ging het een en ander aan vooraf.
Om het verdwijnende bedrijf en leven rondom de Zuiderzee in beeld te brengen werd in Enkhuizen in 1930 de Zuiderzee Visscherij Tentoonstelling gehouden.
Direct werd toen al geopperd om met het materiaal van de ZVT een museum te maken, maar dat kreeg geen vervolg.
In 1942 was De Zuiderzee het thema voor de landelijke Monumentendag.
Mede daardoor kwam de net benoemde directeur van het Openluchtmuseum in Arnhem, Siebe J. Bouma, met het plan om een Zuiderzeemuseum te realiseren.
Vanuit bedrijfsleven en burgerij werd ƒ 35.000 bijeen gebracht en de Koninklijke Zaadteelt en zaadhandel Sluis & Groot stelde voor een symbolisch bedrag het Peperhuis beschikbaar.
Op 8 december 1947 werd een overeenkomst gesloten m.b.t. de realisatie van het Zuiderzeemuseum in Enkhuizen tussen de Vereniging Vrienden, Gemeente Enkhuizen, Sluis & Groot en de Staat der Nederlanden.
In 1948 werd Siebe Bouma de eerste directeur van het Zuiderzeemuseum.
De opening van het museum was voorzien in 1949, maar dat werd 1950.
In 1949 werd een tijdelijke Zuiderzee Museum Tentoonstelling ingericht in de Drommedaris.